Początek placówki kościelnej w Pilźnie, pierwotnie przeznaczonej dla augustianów, sięga 1403 r. W 1807 r. część budynków klasztornych zajęło wojsko austriackie. Karmelici objęli klasztor w 1841 r., po odejściu ostatnich augustianów.

XV-wieczny kościół w stylu gotyckim w 1811 r. strawił pożar. Skutki pożogi udało się naprawić do 1826 r., stał już wtedy ukończony kościół. Architektoniczna powłoka kościoła ukształtowała się po kolejnym pożarze w 1865 r. i w zasadniczej formie trwa do dzisiaj. Wielkim kultem cieszy się w nim obraz Matki Bożej Pocieszenia z kaplicy północnej (pochodzący prawdopodobnie z IX w. lub XI). Madonnie Pilzneńskiej składali hołd nawet królowie polscy.
Obecny murowany budynek klasztoru pochodzi z 1848 r. Posiada on dwie kondygncje.